Habibie đã đi đến Delft, Hà Lan để nghiên cứu về hàng không và hàng không vũ trụ tại Đại học Công nghệ Delft Technische, nhưng vì những lý do chính trị (cuộc tranh chấp West New Guinea giữa Hà Lan và Indonesia), ông phải tiếp tục nghiên cứu tại Technische Hochschule Aachen (Đại học RWTH Aachen) ở Aachen, Đức[2] Năm 1960, Habibie nhận bằng kỹ sư ở Đức với danh hiệu Diplom-Ingenieur. Ông vẫn ở Đức như một trợ lý nghiên cứu của Hans Ebner tại Viện Lehrstuhl und Institut für Leichtbau, RWTH Aachen để nghiên cứu về tiến sĩ.[3].

Khi mức lương tối thiểu của Habibie buộc ông phải làm việc bán thời gian, ông tìm được việc làm với thương hiệu Talbot, nơi ông trở thành một cố vấn. Habibie làm việc cho hai dự án nhận được tài trợ từ Deutsche Bundesbahn